Note : ce classement n'est pas un jugement de valeur, il a juste pour but de trier. Par exemple, Ext2 et FAT sont dans la même catégorie, on ne peut pourtant pas comparer cette bonne vieille FAT à un FS moderne comme Ext2. Dans chaque catégorie les FS sont classés par ordre alphabétique.

Non journalisés

Journalisés

• BFS (BeOS, Haiku, Linux en lecture seule et expérimental)
• Ext3 : Extented FS version 3 (Linux)
• HFS+ (Mac OS X, Linux)
• JFS (AIX, OS/2, Linux)
• NTFS (Windows, Linux en lecture seule)
• ReiserFS (Linux)
• Reiser4 (Linux expérimental)
• UFS+ : Unix FS + journal (BSD, Linux en lecture seule)
• XFS (Irix, Linux)
• ZFS : Zettabyte FS (Solaris10)

Réseau

• NFS (Tous les Unix, Linux, Mac OS X) (Windows via un émulateur)
• SMB (Windows) (Linux, BSD et Mac OS X via Samba)

Spécialisés

• CFS (Cryptographic File System) : FS chiffré (BSD, Linux)
• cramfs : FS compressé (Linux en lecture seule)
• iso9660 : en lecture seule sur tous les système lisant les CDROM/DVDROM de données
• JJFS et JJFS2 : FS pour support physique sans block, typiquement des cartes flash. Il est compressé et journalisé (Linux)
• QNX4fs : FS utilisé pour le temps réel (QNX, Linux en lecture seule)